An der Uni war CVS Pflicht, weil es überall installiert war, es in allen bestehenden Projekten verwendet wurde und sich jeder Betreuer damit auskannte. Nach dem Studium bin ich dann zu Subversion (SVN) gewechselt, weil es einige Vorteile zum schon in die Jahre gekommenen CVS geboten hat und jetzt würde ich nicht unbedingt auf die Idee kommen, auf ein anderes Versionsverwaltungstool umzustellen, weil einfach so viele Projekte in SVN gepflegt werden und weil ich eigentlich sehr zufrieden mit Subversion bin, vor allem seit Visual Studio auch mit den .svn-Verzeichnissen klarkommt ;)
Wer aber unzufrieden mit seinem System ist, ein Versionsverwaltungstools auswählen muss oder einfach nur interesse daran hat, welche kostenlosen Alternativen es so gibt, findet hier einen interessanten Überblick: